Вологда при первом государе всея Руси Иване III (конец XV - начало XVI века)
В XV веке развитие Руси в целом можно охарактеризовать одним словом — централизация. 
Впервые обитатели множества русских земель ощутили себя жителями единой Руси, сбросившей остатки зависимости от татар, Руси, собранной «под рукой» московского князя. И отражением нового положения московского князя стал титул «государя всея Руси», который носили лишь три русских правителя, сменивших друг друга на протяжении полувека. Первым этот титул возложил на себя в 1485 году Иван III, затем его получил по наследству Василий III, а за ним и Иван IV (Грозный), назвавший себя в 1547 году первым русским царем.
Вологда была в числе земель, оказавшихся под контролем Москвы уже в начале XIV века. После смерти второго (и последнего) вологодского князя Андрея Меньшого в 1481 году земли Вологодского княжества навсегда остались рядовой областью в составе крепнущей Московской Руси.
Иван III (1440—1505), сын Василия II, был великим князем московским с 1462 года. В его
правление не одно только маленькое Вологодское удельное княжество перестало существовать: окончательно присоединены к Москве бывшие веками самостоятельными княжества Ярославское (в 1467 году) и Тверское (в 1485 году), обширные земли Новгорода (в 1478 году), области Вятка, Пермь и многие другие. С 1480 года, со знаменитого противостояния войск на реке Угре, отсчитывают свержение монголо-татарского ига на Руси. В годы правления Ивана III сложилось территориальное ядро единого Российского государства, простершегося на севере до Белого моря, а на востоке — за Урал, до берегов Оби. Это нашло отражение и в изменении титула московского правителя — он стал именоваться «Иоанн, божьей милостью государь всея Руси, и великий князь владимирский, и московский, и новгородский, и псковский, и тверской, и югорский, и пермский, и болгарский и иных» земель. При Иване III началось складывание действенного централизованного государственного аппарата и судебной системы.
В годы правления Ивана III впервые был создан «чертеж», отображающий громадную территорию нового Московского государства. Составители чертежа последовательно подчеркивали объединение десятков мелких княжеств в рамках единого государства. Симптоматично, что эта карта была создана в 1497 году — одновременно с первым общерусским Судебником. Любопытно, что на карте присоединенные к Москве северные регионы оказались переданы в масштабе, почти вдвое превышающем южные земли. В этом можно усмотреть как простое механическое совмещение разномасштабных черновых планов, так и нарочитое подчеркивание значения присоединенных земель. До наших дней «чертеж» 1497 года дошел лишь в виде основанной на нем карты, опубликованной англичанином Антонием Дженкинсоном в 1562 году.
При Иване III Вологда, кстати, впервые получила широкую известность в качестве места политической ссылки. При этом царе были оценены стабильная «благонадежность» и одновременно известная отдаленность города от центральных районов Руси, удобные для надежной изоляции политических противников, жизнь которых должна быть сохранена в силу каких-либо обстоятельств. Среди вологодских невольных затворников оказался, например, тверской князь Михаил Холмский, попавший в плен при взятии Твери. Еще весной 1480 года в вологодской ссылке оказался царевич Айдар (сын основателя Крымского ханства Гаджи-Гирея), находившийся на государевой службе. В Вологде Айдар пробыл, по крайней мере, семь лет, дальнейшая его судьба неизвестна. После взятия Казани в 1486 году в Вологде оказался низвергнутый казанский «царь» хан Али (Алегам) «с двумя женами» (женщинами) — матерью и «царицей». На третий год заточения
хана его родственники, правители Ногайской Орды (союзника Руси) писали к Ивану III с просьбой об освобождении узника. Но Иван отвечал, что хан останется в плену, и обещал лишь, что впредь из уважения к просителям даст ему «великую льготу». Местные любители старины долго еще уверяли потом, будто он и похоронен в Вологде, и чуть ли не верхом на коне. Провел шесть лет в Вологде знаменитый литовский гетман — князь Константин Острожский, плененный в 1500 году в битве под Дорогобужем. В Вологде пленника поили и кормили на сумму, раз в двадцать превышающую обычно выделяемое довольствие. В 1506 году Острожский как будто бы «перевоспитался» и согласился перейти на службу Москве, немедленно получил свободу и соответствующие его статусу земельные владения, но вскоре бежал в Литву.
По-иному сложилась судьба трех других пленников Ивана III — его родного, третьего по старшинству, брата Андрея Большого, угличского князя, и его сыновей Ивана и Дмитрия (тринадцати и двенадцати лет от роду). Обвиненный в очередной раз в покушении на великокняжескую власть Андрей в 1491 году был обманом пленен Иваном III в великокняжеском дворце и заточен в Москве. Через два дня были схвачены в Угличе и его сыновья. Иван, объясняя митрополиту свой поступок, говорил, что жалеет брата, но должен предупредить исходящую от него смуту, чтобы после смерти великого князя не потребовал он себе его титула и не посеял раздоры в роду. Сыновья Андрея Иван и Дмитрий были пленены также как возможные претенденты на престол; их сестер оставили на свободе. Угличское удельное княжество было присоединено к Москве. Через два года Андрей Большой умер в темнице, а его сыновья, находившиеся в заточении в Переяславле, были перевезены подальше от Москвы — сначала на Белоозеро, а затем в Вологду.
В Вологде князья еще долго, до самой своей смерти, находились в 
темнице. Иван пробыл в заточении 32 года, а Дмитрий — около 50 лет. Этим они приобрели славу смиренных затворников-мучеников и почитались после смерти святыми. Церковное предание рассказывает, что Иван, попросивший постричь его перед смертью в монахи Спасо-Прилуцкого монастыря под именем Игнатия, отличался набожностью и кротостью. Умер князь-пленник 19 мая 1522 года. Житие Игнатия, написанное монахом Лонгином несколько десятилетий спустя, рассказывает, что горожане уверовали в святость умершего невинно заточенного князя: некоторые больные получили исцеление уже при несении гроба для отпевания в Воскресенский собор, стоявший тогда на Ленивой площадке, другие — при погребении Игнатия в соборе Спасо-Прилуцкого монастыря. Могила его и сегодня находится вблизи центрального столба в подклете Спасского собора, построенного в 1537—1542 годах. Житие содержит, например, и такой эпизод, воспринимавшийся современниками совершенно серьезно: каменшик Давид, делавший по поручению игумена монастыря Мисаила надгробие над могилой Игнатия, безо всякого уважения присел во время работы на кладку. Тут же Давид почувствовал нестерпимое жжение, не позволявшее ему более сидеть, длившееся три дня, до тех пор, пока раскаявшийся мастер не обратился к Игнатию со слезной молитвой. Боль тут же исчезла, и каменщик, уже с верой в святость Игнатия, смог окончить работу.
О втором князе, Дмитрии, словно позабыли на долгие годы, и даже дата его смерти оказалась неведома. Дмитрий пережил в темнице великих князей, на власть которых мог (лишь предположительно) покушаться, — и своего дядю-заточителя Ивана III, и его сына Василия Ш. Интересно, что встреча двоюродных братьев со столь различными судьбами — правителя Василия и узника Дмитрия - могла состояться! В 1528 году, когда обоим братьям исполнилось по 49 лет, великий князь Василий со своей супругой Еленой Глинской был на богомолье в шести крупнейших монастырях Вологодчины, в том числе и в Прилуцком, и не мог не видеть могилы нового чудотворца Игнатия, своего двоюродного брата, похороненного в ногах святого Димитрия Прилуцкого. И не мог, пожалуй, Василий забыть о страшной судьбе другого брата, Дмитрия, все еще томящегося в Вологде. Но летописец молчит: великий князь ничего не сделал для облегчения судьбы безвинного пленника...
О том, сколь высок был для Ивана III авторитет Димитрия Прилуцкого, почитавшегося святым покровителем Вологды, говорит такой факт: собирая воинов (в том числе и вологжан) в поход на Казань, князь требует прислать для помощи войску образ Димитрия. В 1503 году государь с почетом присылает вологжанам новый богато украшенный образ Димитрия. Авторство иконы приписывается знаменитому иконописцу Дионисию. День встречи иконы (3 июня) отмечался вологжанами с этого времени как общегородской праздник. Вологжане ежегодно совершали крестный ход с образом покровителя Вологды от города до монастыря. Эта четырехсотлетняя традиция оборвалась в годы Советской власти и была возрождена в 2001 году.
Приезд Василия соостоялся за пять лет до его смерти. Приезжал он молить о рождении наследника: «Лета 7037 (1528. —А. С.) князь великий Василий Иванович и с великою княгинею 
был на Вологде, и в монастырях у чудотворцев: в Кириллове, в Каменном, в Глушицах, на Прилуке у Спаса, в Корнилиеве, и в Павлове пустыни и милостыню велию давал и потешение по манастырем и в граде попом. А велел молиться о чадородии, чтобы дал Бог отрод у него был». И наследнику, Ивану, суждено было родиться через год и стать в будущем правителем, которого назовут Грозным.
О судьбе Дмитрия известно лишь, что в 1540 году по указу Боярской думы, правившей при малолетнем Иване IV, с пленника были сняты кандалы, и тяжесть заточения шестидесятилетнего старца была на несколько лет облегчена. Дмитрий вскоре умер в темнице, проведя в ней полвека, и был похоронен в ногах у брата, вблизи могилы Димитрия Прилуцкого. Хотя в XVI веке князь Дмитрий не почитался святым, над его могилой было сооружено такое же, как и у брата, надгробие, снесенное менее чем через столетие, в XVII веке, при устройстве в нижнем этаже собора храма. А в XIX веке митрополитом Евгением Дмитрий был назван в списке святых, похороненных в вологодской земле.
В память о князьях-узниках вологжанам остался обычай особого почитания иконы Божией Матери «Всех скорбящих радости», всегда находившейся в церкви при тюрьме и помогавшей находящимся в заключении. Списки с этой иконы и в начале XX века были в каждой вологодской тюрьме. Считалось, что икона была тем единственным достоянием, которое заточенные княжичи получили от своего отца, претендовавшего некогда на великокняжеский титул.
Иван III неоднократно бывал в Вологде: в 1446 году еще шестилетним непродолжительное время жил здесь со своим ослепленным отцом, ставшим вологодским князем. Появлялся и позже — двенадцатилетним княжичем, стоящим во главе войска, возвращающегося в 1452 году из победоносного похода на последний оплот Шемяки на Кокшеньге. Был Иван в Вологде и в 1463 году, во второй год своего княжения, готовясь к походу в Двинскую землю.
Умер первый государь всея Руси Иван III в 1505 году. По еще сохранявшемуся обычаю, угаснувшему уже при жизни последующего поколения, он разделил собранные «под своей рукой» земли между пятью своими сыновьями. Старший сын Василий (Василий III) получил, как было принято, столицу и еще 64 важнейших города, в том числе Вологду и остальные земли к северу и востоку от нее. Младшим же сыновьям достались в уделы всего 30 городов.
В завещании Иван III писал также: «Да на Белоозере и на Вологде моя казна — сыну моему Василию...». Помнил Иван далекую Вологду, в которой впервые побывал со своим отцом Василием II, сверженным и ослепленным в тот год. Помнил и доверял Белоозеру и Вологде немалую часть своей казны. И всю казну московскую и жену свою, Софью Палеолог, в 1480 году, во время ставшего победоносным противостояния с Ордой, Иван отправлял в Белоозеро. И слал Иван в Вологду в заточение именитых врагов и родственников, словно подкрепляя память о ссылке своего отца.
Преемником Ивана III в 1505 году стал его сын Василий III (1479—1533). Ему удалось завершить объединение Руси вокруг Москвы присоединением Пскова (в 1510 году), Смоленска (в 1514 году), Рязани (в 1521 году). Новое направление внешней политики государства в первую четверть XVI века знаменовала серия русско-литовских войн. Именно земли, лежащие к западу от ядра Московского государства, находились в центре внимания царя. Территория Русского Севера в это время оказалась «тыловой» — весьма далекой от дипломатических и военных побед на западных рубежах Руси. Красноречивое свидетельство тому — почти полное отсутствие северных земель на новом «чертеже» Русского государства, составленном в правление Василия III около 1523 года. Размеренное течение вологодской жизни продолжалось и в первые годы правления следующего государя — Ивана IV, прозванного Грозным.
