Семинарии после секуляризации
С 1760-х годов, после секуляризации монастырских и церковных имуществ, в истории духовного образования наступил второй период. Семинарии стали приобретать не местный, а общегосударственный и общецерковный характер: были определены единые принципы организации учебного процесса, введены штатные оклады от казны, была уменьшена прямая зависимость их существования от епархиального архиерея. Постепенно преодолевалось господство киевской схоластики и латыни. Предметы стали изучать на русском языке.
Семинарии разрастались, превращаясь в самые крупные из когда-либо существовавших на Севере учебных заведений. В 1780-е годы в Вологодской семинарии обучалось около 500 человек. Здесь сложилась богатейшая по тому времени библиотека, где хранились сочинения Цицерона, Вергилия, Овидия, Цезаря, Гомера, имелись книги исторического содержания, словари, энциклопедии. В 1778 г. был введен высший из семинарских классов—богословский. В 1798 г. для семинарии было построено просторное здание в центре города на берегу р. Вологды.
Холмогорская семинария в связи с перемещением архиерейской кафедры в Архангельск несколько раз меняла место своего пребывания — Спасо-Прилуцкий монастырь в 15 верстах от Холмогор, Михайло-Архангельский монастырь (г. Архангельск), специально выстроенный деревянный дом близ архиерейской резиденции, вновь Михайло-Архангельский монастырь и т. д. Все это довольно долго—вплоть до конца 1780-х годов —мешало поставить учебный процесс в рамки полного семинарского цикла.
Устюжская семинария к семидесятым годам XVIII века довела число учащихся до 200. Однако в 1788 году в связи с ликвидацией епархии была закрыта. Вместо нее осталось училище с таким же кругом предметов.
Отметим, что в 1778 году была открыта Белозерская духовная семинария с неполным курсом обучения (около 100 человек). Она просуществовала 12 лет и была закрыта из-за недостатка средств. В 1778— 1795 гг. действовала духовная семинария в Кирилло-Белозерском монастыре, реформированная впоследствии в духовное училище. В 1748 г. малое духовное училище было открыто в Тотьме.
