Рождение Вологодской епархии
Заметные изменения в церковно-территориальном устройстве произошли вскоре после провозглашения в 1448 году автокефалии (независимости) Русской церкви и покорения в 1471 году Иваном III Новгородской республики.
Буквально сразу же, в 1471 г., восточные границы Новгородской епархии были ограничены Северной Двиной, а лежащие за ней Пинега, Кевроль, Мезень вместе с Вятской землей отошли под непосредственную юрисдикцию московских митрополитов. Отошедшие земли большей частью были малонаселенными и необжитыми, с незначительным количеством церквей. Здесь предстояло приложить немало усилий для укрепления церковной жизни.
Через 20 лет, в 1492 году, по повелению великого князя Ивана III от Новгорода была отделена и Вологда —в Пермскую епархию. С той поры епархия, основанная Стефаном, стала именоваться Пермской и Вологодской. Необычность ситуации заключалась в том, что епархия состояла как бы из трех территорий: смежных Перми Вычегодской (земли по Вычегде, Выми, Сысоле и отчасти Мезени) и Перми Великой (земли в бассейне Камы и ее притоков, главным образом — Чусовой), а также отстоящей от них на сотни верст Вологды.
Таким образом, к исходу XV века Север в церковном отношении окормлялся четырьмя архиереями: Новгородским, Ростовским, Пермско-Вологодским и Московским. Такое внимание ж нему со стороны церковных центров не случайно — это было время интенсивного монастырского и приходского учредительства. Напомним и о том, что Север в те века составлял почти половину территории Московского государства. XVI столетие принципиальных изменений в церковное дело не внесло. Отметим лишь некоторые события. Епископы Пермские и Вологодские все больше предпочитали проживать в Вологде, бывшей тогда в состоянии культурного и хозяйственного подъема, а не в далекой Усть-Выми. Наконец, епископ Макарий окончательно перенес резиденцию в Вологду, переселил туда весь архиерейский штат и навсегда оставил Усть-Вымь — с 1571 года епархия стала именоваться Вологодской и Велико-пермской. В 1571—1584 гг. значительная часть Поморья (Холмогоры, Каргополь, Турчасов стан и Вага с уездами) временно передавалась под юрисдикцию вологодских архиереев. Впоследствии такая же временная передача — “доколе Новгородская митрополия очистится от бродяг и разбойников” — была осуществлена в Смуту, в 1613—1617 гг. После введения в Русской церкви патриаршего управления в 1589 году была поднята степень двух севернороссийских кафедр: Новгородская архиепископия стала митрополией, а Вологодско-Пермская епископия — архиепископией.
Некоторое время на рубеже XVI—XVII веков существовала Карельская епархия, упраздненная после уступки Карелии шведам.
В 1657 году была открыта Вятская епархия, после чего начался обмен территориями: в новую епархию отошли Велико-Пермские земли из Вологодско-Пермской епархии; утраты компенсировались передачей Вологде Белозерья и Чаронды, ранее чересполосно принадлежавших патриарху и Ростовской епархии. Собором 1657 года вологодскому архиерею велено именоваться Вологодским и Белозерским. Его епархия по-прежнему состояла из двух частей — Вологодско-Белозерской территории и Яренско-Усть-Вымской.
В 1676 году длительному раздроблению Вологодской епархии наступил конец: после долгих тяжб и челобитий Яренский уезд и Усть-Вымские земли были также переданы в Вятскую епархию.
Обширные земли к северу от Вологды по-прежнему большей частью входили в Новгородскую митрополию. С 1674 года в ее юрисдикцию были возвращены из патриаршей области земли восточнее Северной Двины.
Долгое время в Русской православной церкви за каждой епархией закреплялась соответствующая степень: митрополия, архиепископия, епископия. Впоследствии - в XVIII веке - эта традиция стала грубо разрушаться государством. Поэтому на одной и той же кафедре последовательно могли оказаться и епископ, и архиепископ, и митрополит.