Архиерейские палаты
С постройкой кафедрального собора архиерейский двор разместился западнее Софии. Все здания на архиерейском дворе были деревянные.
В писцовой книге 1627 года сказано: «Против соборные церкви Софеи Премудрости божий двор архиепискупль, ворота створистые, а другие одинокие; на них три шатра побиты чешуею, вереи и столбы точеные; и над большими вороты с лица от собору Деисус стоячей, семь образов на золоте; а над меньшим вороты три образа распятие Господне, а по
сторонам великомученик Федор Стратилат да Стефан архиепископ Пермский на золоте; а с надворную сторону над большими вороты Деисус же пять образов на золоте, а над меньшим вороты три образа — Пречистая Богородица с Превечним младенцем, да преподобный Димитрий, да благоверный князь Игнатей Вологодский на золоте; по обе стороны ворот решетки деревянные, прорезные, круглые, а на дворе церковь Стефана архиепископа Пермского, древяна клетцки. Да на архиепископ-ж келья архиепископская с комнатою на подклете, да келья казенная на подклете-ж, а промеж ими повалуша, да двои сени, да келья задняя наподклете с сенми-ж, да у задних ворот изба судная, да против избы клеть, а промеж ими сени да келья на подклете с сеньми подьячевская, да четыре житницы, да два погреба, да ледник, а над погребами сушила рубленныя да хлебня, да поварня, да конюшня, а наверху сенницы, да на архиепископли-ж дворе середи двора прудец невелик, копаной, а в нем сажена рыба караси, да ворота задние, а у ворот изба воротная с сенми, а около двора забор в длину двора от ворот семьдесят сажен, поперек шестьдесят сажен».
Первое каменное строение на архиерейском дворе, двухэтажное, с мезонином, появилось около 1659 года. Архиепископ Маркел вместо деревянных келий построил здесь каменное здание архиерейских палат. На стенах некоторых комнат была фресковая роспись, закрытая потом известковыми побелками. Открыта она художником-реставратором А. И. Брягиным в 1945 году. Перекрытия первого и второго этажей сводчатые, стены гладкие. Толщина стен около двух метров. Окна второго этажа размещены в глубоких нишах. Первый этаж здания без окон, предназначался он под погреба. Два входа в подвалы оформлены наличниками со стрельчатым верхом.
Каменная лестница, ведущая в мезонин, расположена в толще стены. Здесь хранились архиерейская казна, ценности, царские и патриаршие грамоты. С постройкой Симоновского корпуса в мезонине разместился «казенный приказ», позднее это здание стало называться Экономским корпусом.
Симоновский корпус с Крестовой церковью построен в 1667— 1670 годах архиепископом Симоном. Это большое, трехэтажное каменное здание с домовой крестовой церковью и открытой наружной галереей на каменных столбах. Крестовая церковь возвышается над корпусом в виде небольшого куба, увенчанного главой на барабане. Во втором этаже находилась Крестовая палата — приемный парадный зал епископов. Здесь, к примеру, устраивались обеды в честь Петра I во время посещения им Вологды. Рядом впоследствии возведен корпус епископом Иосифом, по 
прозванию Золотым, в стиле елизаветинского барокко. Привлекает взгляд своей нарядностью, значительно отличаясь от других построек архиерейского двора.
Во втором, высоком, этаже Иосифовского корпуса—двухсветный зал для приемов. Он занимал среднюю часть этажа, обращенную на главный фасад. Остальные комнаты второго этажа были жилыми, в них сохранились интересные изразцовые печи XVIII века. Кафель с рисунком на разные сюжеты был привезен в Вологду из Архангельска еще при Иване IV.
Главный фасад здания имеет выступ, увенчанный фронтоном, с латинской надписью во фризе: «Начата постройка дом а в 1764 году при помощи освящающей свыше благодати святого Духа, окончена в 1769 году». Фасады Иосифовского корпуса оформлены пилястрами, рустованными в пределах нижнего этажа, и оконными наличниками. Углы здания рустованы. Первый и второй этажи разделены карнизом. Кроме того, стены увенчаны верхним карнизом. В выступающей части главного фасада свободная поверхность стены покрыта росписью в шашку. Стены окрашены под кирпич. Тяги и пилястры белые, наличники слегка подцвечены.
Епископ Иосиф Золотой устроил при доме сад с большим прудом. После него все архиепископы жили в этом доме, и он стал называться архиерейским домом.
Каменные стены и башни вокруг этих палат были возведе» ны еще в 1671—1672 годах при архиепископе Симоне. Это были тяжелые, неурожайные годы. Голодные люди стекались со всех сторон, лишь бы получить кусок хлеба.
Ныне эти стены и башни и называют кремлем, что, конечно, не точно, ибо собственно грозненский кремль охватывал значительно большую территорию, но он сейчас не сохранился.
Стены вокруг архиерейских палат имеют вид неправильного четырехугольника. Высота их не одинакова. Наиболее высокие — восточная и южная стены, до 10,6 метра. Стены гладкие, без зубцов, с узкими бойницами и внутренними арками. Восточная стена и часть южной имели складские и жилые помещения. Учрежденная в 1730 году в Вологде семинария и общежитие (бурса) первоначально размещались в помещениях восточной стены. В XIX веке восточная стена дала сильный крен в сторону Кремлевской площади. Чтобы предохранить ее от разрушения, в 1871 году были устроены три контрфорса.
Южная стена (вдоль проспекта Победы) имела проходные Пятницкие ворота, позднее они были заделаны. В северной стене, обращенной к собору Софии, имеются Святые ворота с Надвратной церковью, Надвратная церковь построена в 1687—1690 годах. Северная стена соединяется с Экономским корпусом. При перестройке соборной колокольни в 1870 году между Экономским корпусом и Воскресенским собором были устроены въездные ворота, а в северной стене устроен переход из архиерейских палат в Воскресенский собор.
Стены имели четыре угловые башни высотой в 12,8 метра. Юго-восточная была типа полубастиона с жилыми и складскими помещениями. На юго-западной верхняя часть была уширена, снабжена амбразурами и небольшой смотровой башенкой с флюгером. С внутренней стороны юго-западная башня не достроена и представляет собой лишь изгиб и утолщение стены. Северо-западная башня — это трехэтажное жилое здание, в 1714 году здесь была открыта цифирная школа. Северо-восточная башня разобрана в 1772 году, на ее месте построен Воскресенский собор.
Софийский собор остался за пределами каменных стен архиерейского двора.
