В период смуты
Все возрастающее значение Вологды как составной части Московского княжества проявилось в период Смуты второй четверти XV века. Стратегическое положение города между Поморьем и Замосковьем влекло к нему обе противоборствующие политические группировки. В 1435 году город захватывает Василий Юрьевич (Косой), боровшийся с Василием II (Темным). Василий Косой претендует и на Устюг, готовя поход на Москву. В 1446 году во главе противников великокняжеской Москвы становится его брат Дмитрий Шемяка. Ему удалось захватить и ослепить Василия II, которого он ссылает в Углич, а затем отдает ему «в отчину» Вологду. Поддержка вологжан, белозерцев, устюжан в значительной степени помогла Василию II (Темному) вновь укрепиться на великокняжеском престоле. Даже карательный поход на Вологду Шемяки, завершившийся в 1448 году полным разграблением и опустошением города, не мог принципиально изменить вектор политического развития - вологодские земли не отступились от великокняжеской Москвы.
После завершения Смуты вологжане принимают самое деятельное участие во всех наиболее значительных событиях в жизни государства. В 1462 году город Вологда вместе с Кубеной и Заозерьем был завещан младшему брату Ивана III - Андрею. В 1481 году из удельных земель Андрея Меньшого был образован Вологодский уезд. Как удельная, так и уездная Вологда выполняла разнородные функции: часто была сборным пунктом для войска, являлась местом политической ссылки, а также убежищем для великокняжеских фамилий. Неоднократно посещал Вологду Иван III в связи с подготовкой похода на Двинскую землю (1463 год) и на Казань (1478 год). Здесь формировались военные рати в походы на черемис (1463 год), на Двинскую землю (1464, 1471 годы), на Казань (1467, 1479, 1487 годы, конец XV века), на вогулов (манси), в Вятскую землю, на Югру и Урал (1483, 1489, 1499—1500 годы).
